哈尔滨市疾病预防控制中心成立于2003年，是由原哈尔滨市卫生防疫站、哈尔滨市职业病防治院、哈尔滨市地方病防治站和哈尔滨市健康教育所四家单位合并组建而成。位于哈尔滨市道外区卫星路30号，占地面积2万平方米，建筑面积2万平方米。整体规划分为四个区，即办公区、实验区、附属区、消毒隔离区。其中办公区8层，实验区共6层。在实验区设置了4个P2（生物安全Ⅱ级）实验室和百级、千级、万级等共11个重点实验室。哈尔滨市市政府设置的实施疾病预防控制和公共卫生技术管理与服务的公益性事业单位，是全市疾病预防控制和卫生检验检测的技术指导与服务中心。主要承担着全市疾病预防控制、突发公共卫生事件应急处理、卫生检验、预防接种和健康体检工作。

          哈尔滨商业大学食品工程学院自2017年起，与哈尔滨市疾病预防控制中心建立本科生实习合作，2017年食品工程学院食品质量与安全专业共计79人到市疾控中心实习。通过参观血清学检测实验室，食源性病原菌及肠道菌分离鉴定实验室，HIV初筛实验室，结核病实验室，地方病实验室，寄生虫病实验室，食品、化妆品、水质、涉水产品等健康相关产品微生物实验室，职业卫生和放射防护检测室，理化实验室，生化实验室，了解市疾控中心实施疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与控制、实验室检测与评价、健康教育与健康促进和技术指导与应用研究等职能。